六月十二日，根据李鸿章的指示，叶志超委派聂土成为前敌营务处，负责剿办事宜，本人则暂驻牙山以待命。但是，聂军并没有同东学党起义军直接交仗。聂士成只是派弁兵一百人，随带翻译，持告示前往全州招抚。告示共三种：其一，晓谕起义军解散。其中有“尔国王发电告急，我中朝爱恤属国，不忍坐视不救，奉谕钦差北洋大臣李奏派本统领率带马步枪炮大队前来助剿。特念尔等本属良善……大兵到日，尔等能悔罪投诚，洗心革面，均予免杀”注21等语。其二，“谕示商民各安其业，毋得惊恐”。其三，申明军纪。有“奉宪檄饬，防营远征，保护藩属，护卫商民，自行军旅，纪律严明。今入朝鲜，军令重申，购买物件，照给钱文。如有骚扰，或犯别情，军法从事.决不稍轻”等语。注22这三种告示被日本间谍送报日本驻朝公使馆。不久，“汉城饬弁持倭使大鸟圭介来咨，诘问前日所出告示是否真伪”。注23果然，后来大鸟圭介便就聂士成告示中“我中朝爱恤属国”、“保护藩属”的语句大作起文章来了。
其实，聂士成派人招抚起义军之日，正是起义军退出全州之时。先是东学党起义军攻陷全州后，两湖招讨使洪启薰又返军攻城，因起义军防守严密，久难攻下。朝王一面处分引起事件的责任者，将全罗道观察使金文铉革职，流配济州岛，并将古阜郡守赵秉甲革职，系械监禁；一面急发最后的精锐江华枪炮队四百及京城、平壤监营兵二千增援，并命严世永任三南注24招抚使，同新任全罗道观察使金鹤镇赴任，与洪启薰协力从事。从派“招讨使”到再派“招抚使”，说明朝鲜政府对东学党起义军的政策巳由“主剿”转为“主抚”了。
严世永抵达全州后，先布告朝王处罚负此次事件责任的地方官吏，以缓和起义军的敌对情绪，继之以劝谕，表示政府愿意妥商解决此事。此时，全琫准已获悉中日两国出兵的消息。在这种情况下，严世永代表朝鲜政府接受了起义军提出下列十二条件，于六月十一日共同签订了休战协定，即所谓《全州和约》：
一，停止迫害起义者和东学道徒，政府与东学党人合力维持社会秩序。
二，查明贪官污吏的罪行，加以严惩。
三、严惩横暴富豪。
四，严惩不良儒林两班。
五、烧毁奴婢文书。
六，改善七种贱民待遇，不得强制白丁(原注：屠户卖肉者)戴平壤笠。
七、许青年寡妇再嫁。
八、废除一切扰民的苛捐杂税。
九，任用官吏打破门阀界限，登用人才。
十、严惩私通日本者。
十一，取消一切公私债务。
十二、土地应平均分配。注25
十二日，全琫准率起义军退出全州，撤至淳昌和南原一带。二十四日，新任全罗道观察使金鹤镇到任，开始安抚地方。
聂士成之抵全州，已是七月五日，亦即东学党起义军退出全州后二十天。是日下午三时，聂士成独率数十骑进入州城。全州城经过此番战火，“庐舍焚毁，民无栖止”。查明流离失所者共九万家。聂士成令“开列名单，每家给以洋银二元，聊助牵萝补屋之费”。
七日，又发布告示，表示希望“本统领旋师之后，尔等士农工贾务须守法奉公，各安生业，同享太平之福”。注27即离开全州。十日，聂士成回牙山，向叶志超报告全州事件业已处理完毕。并建议速请李鸿章“派轮接队内渡，免启衅端”。叶志超则犹豫不决。当天夜晚，聂士成致电李鸿章，报告“前敌招抚情形，并请撤队内渡”。其禀文有云：
“我军本奉命平韩乱，非与倭争雄也。倭乘间以水陆大队压韩，据险寻衅，蓄谋已久。又敌众我寡，地利人和均落后著，与战，正堕彼术中。今匪乱已平，正可趁此接队内渡，免资口实。此老子不为人先之谋，亦兵家避实就虚之计。况韩为泰西通商之国，岂容倭人鲸吞?倘仍顽梗，可请英、俄诸国评论曲直；一面调集我海陆各军驻屯北洋，奉天边境。俟秋凉，我陆军出九连城趋平壤以拊其背，海军战舰大队塞仁川以扼其吭，彼时倭师劳而无功，将骄卒惰，可一鼓破之也。否则，倭将先发制我，衅端一启，大局可危。”注28
聂土成电文的中心意思，是主张实行退却。这位被日人誉为“计划战略常以勇敢见称”注2这是因为“兵无常势”，而要逐步地在军事上变被动为主动，只有采取兵法所说的“避实就虚之计”。这是一种积极的战略退却。在军事上已失先著的情况下，应该说实行战略退却是唯一切实可行的办法。如果聂士成的意见被采纳，则中国不仅在军事上可改变不利的处境，而且在政治及外交方面也将居于主动的地位。对于日本发动侵略战争的计划来说，必然是一个沉重的打击。当时，大鸟圭介看到“朝鲜国内出乎意外的平稳，中国派去的军队只是驻扎在牙山，并未进入内地”，即曾致电政府说：“目前若向朝鲜派遣过多军队，就会引起朝鲜政府和人民，尤其是第三者外