要进入学园都市一定得由闸门检查，离开学园都市时也要进行相同的程序。通过学园都市的入口闸门时，除需要学园都市发行的通行许证外，还要检查在学园都市的资料库中登录的id（包括来宾临时id）。因为外壁的关卡闸门有热源感应装置及磁气透视装置，所以想尝试蒙混过关是不可能的。与闸门记录不一致的可疑人物，会由维持治安的警备员或风机委员逮捕。

通行许可证只有学生的亲属及运送商品及物资的业者才能拿得到，而且事先必须经过审核。